Το νέο Yaris, βασισμένο στη νέα πλατφόρμα GA-B, έχει σχεδιαστεί και αναπτυχθεί ακολουθώντας όλα τα τελευταία μέτρα ασφαλείας, συμπεριλαμβανομένου ενός πολύ ισχυρού και άκαμπτου αμαξώματος για την καλύτερη προστασία των επιβατών. Είναι το πρώτο Toyota που εξοπλίζεται με κεντρικούς αερόσακους SRS. Οι εν λόγω αερόσακοι είναι βασικοί σε όλες τις εκδόσεις και ενεργοποιούνται σε περίπτωση πλευρικής πρόσκρουσης για να αποτρέψουν τη σύγκρουση του οδηγού με τον συνοδηγό.

Το νέο Yaris είναι επίσης εξοπλισμένο με το πιο πρόσφατο σύστημα ασφαλείας Toyota Safety Sense. Αξίζει να σημειωθεί πως στην πραγματικότητα είναι το πρώτο μοντέλο Toyota που διαθέτει το πιο προηγμένο σύστημα ασφαλείας! Εκτός από τα βασικά χαρακτηριστικά, όπως είναι το σύστημα προ-σύγκρουσης (PCS) με λειτουργία αναγνώρισης πεζών και ποδηλατών, το σύστημα διατήρησης λωρίδας, ο ευφυής αυτόματος πιλότος προσαρμοζόμενης ταχύτητας αλλά και ο πλήρους εμβέλειας αυτόματος πιλότος προσαρμοζόμενης ταχύτητας, διαθέτει παράλληλα και σύστημα αποφυγής πρόσκρουσης με έκτακτη υποβοήθηση διεύθυνσης  (κατά τον ελιγμό) και κλήση έκτακτης ανάγκης e-Call.